Земляне едва выжили после обрушившейся на планету катастрофы. Через много лет, ушедших на восстановление, люди вновь в опасности - на Землю нападают загадочные существа. Последняя надежда человечества - человекоподобный робот Евангелион. И пилотировать его должен 14-летний подросток Синдзи Икари. Отец Синдзи - командующий секретной военной организации - вызывает сына для этого в город-крепость Токио-3.